Действие Vampire Knight происходит в Академии Кросс, престижном частном учебном заведении с не совсем обычными классами. В Академии Кросс два отделения: Дневное и Ночное. На Дневном учатся обычные люди, а ученики Ночного — элита, и все красивы как на подбор. Но студенты и большинство штата Академии не подозревают, что Ночной Класс полностью состоит из вампиров. Главная героиня, Юки Кросс, является одной из немногих, кто знает тайну Академии. Юки — староста Дневного класса, и ее основная задача — защитить тайну Ночного класса и уберечь своих одноклассников от его студентов. Помогает ей в этом Зеро, также ученик Дневного класса и староста, ненавидящий всех вампиров за то, что они убили его семью.